In ihr wurden Körner gemahlen, Getreide, Früchte, Ölfrüchte sowie Knochen gestampft. Außerdem wurde Gipsgestein abgebaut, gestampft und zu Düngegips zermahlen. Die Mühle ist eine einzigartige Rarität mit drei Mühlrädern und fünf Mahl- und Stampfwerken. Vor allem wegen ihrer einmaligen Antriebstechnik stellt die Mühle einen großen kulturhistorischen Wert dar.

Nach aufwändiger Sanierung, u.a. mit Unterstützung durch die Deutsche Stiftung Denkmalschutz und das Landesdenkmalamt Baden-Württemberg, konnte der Landkreis Waldshut die Museumsmühle im Mai 2000 der Öffentlichkeit zugänglich machen.